Il Maine Coon è una delle più antiche razze naturali del Nord America, tanto da essere considerato generalmente come nativo dello Stato del Maine. Il suo nome deriva dal Maine, lo Stato della Nuova Inghilterra in cui veniva avvistato, e da raccoon, orsetto lavatore in inglese, per via della sua coda molto simile a quella di un procione.
 

Sui gatti Maine Coon circolano numerose leggende che circondano l'origine di questo particolare gatto.

La più diffusa all'inizio del secolo narrava che per le orecchie grandi e pelose e provviste di ciuffi e la coda grossa e inanellata, il Maine Coon fosse il risultato di un incrocio tra una lince e un orsetto lavatore. 

L'ipotesi, ovviamente assurda, ha comunque contribuito ad alimentare le numerose storie che si tramandano su questa razza. C'è anche chi a tutti i costi ha voluto conferire un'aura regale a questo gatto "rustico",

facendolo addirittura discendere da sei gatti d'Angora che la regina Maria Antonietta, durante la rivoluzione francese, avrebbe messo in salvo inviandoli a Wiscasset, nello Stato statunitense del Maine.

Le origini del Maine Coon hanno creato così tantissime leggende e congetture, nessuna delle quali può essere provata. La teoria più probabile, anche se la meno pittoresca, indicherebbe il Maine Coon come il risultato di un incrocio tra gatti a pelo corto e gatti a pelo lungo d'oltremare. Secondo alcuni il Maine Coon avrebbe antenati tra i gatti nordici, i progenitori del gatto delle foreste norvegesi; in effetti, il gatto selvatico (Felis silvestris) in Nordamerica non è presente. Secondo altri, invece, l'origine del Maine Coon risalirebbe al periodo della colonizzazione, quando le navi dei coloni provenienti da tutto il mondo attraccavano sulle coste americane del nord-est, portando al seguito dei gatti per far strage di topi.

Non è da escludersi un eventuale contributo genetico delle linci Lynx rufus e Lynx canadensis, vista la somiglianza e la piccola taglia di queste linci. Tuttavia a causa della divergenza tra i genomi di lince e gatto la possibilità di un incrocio è improbabile.

La prima segnalazione ufficiale di un Maine Coon risale al 1861, con una menzione da parte della signora Pierce di un gatto bianco e nero chiamato "Captain Jenks of the Horse Marines". In Italia il Maine Coon compare solo nel 1986 su un mensile del settore; da allora la diffusione della razza è in continua espansione e i Maine Coon sono ormai protagonisti di successo nelle esposizioni feline.